Для нахождения корня в существительном необходимо выполнить все действия, обязательные в этом случае: просклонять существительное и подобрать к нему родственные.
После всех проделанных манипуляций мы увидим, что общая неизменяемая часть во всех формах и однокоренных лексических единицах – крыжовник (-ч). Значит, корнем будет все слово.
Но это не так. В лексике рус.языка у «крыжовник» есть еще родственное слово, которое опровергает наш вывод. Это прилагательное «крыжовенный». В нем главная значимая часть всех однокоренных – «крыжов-».
Следовательно, корень слова крыжовник – «крыжов».
Основа – «крыжовник-»; флексия нулевая; префикса нет; суффикс – «-ник-».